L'edificazione di questa chiesa iniziò nel 1326, in seguito alla donazione che i Signori di Spilimbergo fecero al Vescovo di Concordia, offrendo in dono la casa dell'ospedale (realizzata e gestita dalla Confraternita dei Battuti) e il terreno circostante, dove fu costruita appunto la chiesa, originariamente intitolata a San Pantaleone martire.

Nel 1327 la chiesa venne consacrata, sebbene non ancora terminata e affidata alla Confraternita dei Battuti.
Pochi anni dopo, nel 1342, questa fu fatta spostare e la chiesa passò in mano prima ai frati Agostiniani e poi alle suore dello stesso ordine.
Da allora, popolarmente è chiamata la chiesa dei Frati. Venne più volte restaurata e trasformata, soprattutto nel XVIII secolo, quando fu ampliata l'abside e costruita la cappella Marsoni (magnifico l'altare con la statua della Madonna della Cintura); mentre di recente sono state realizzate dalla Scuola di Mosaico le stazioni della Via Crucis.

Ciò che di gran lunga arricchisce l'edificio sacro è la presenza del Coro Ligneo, considerato uno dei capolavori della scultura in legno dell'epoca rinascimentale. Realizzato tra il 1475 e il 1477 dal maestro vicentino Marco Cozzi, era originariamente posizionato all'interno dei Duomo, ma dal 1959, trova sede nella chiesa dei Frati.

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